蓝菌（Cyanobacteria）又称蓝藻、蓝细菌、蓝绿菌或蓝绿藻。原被认为是一门藻类植物，後有人把蓝菌划为原核生物的一门，称为蓝菌门。单细胞个体或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝。蓝菌在地球上已存在约30亿年，是最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。已知蓝菌约2000种。在淡水和海水中，潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都可以发现蓝菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）。
    目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的原绿藻类，根据形态可分为色球藻（Chroococcales）、宽球藻目（Pleurocapsales）、颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。 是发现年代最早的化石。
蓝藻界蓝藻门生物的统称。为一类能进行光合作用的原核生物，又称蓝藻。属于藻类植物中最简单、最低级的类群。藻体为单细胞、群体或多细胞丝状体，细胞不具鞭毛，不产生游动细胞，部分丝状体种类能伸缩或左右摆动。颜色有绿、蓝、红等。细胞壁两层，壁外常形成粘性胶质鞘，故又称粘藻。细胞内原生质体分成周质和中央质。周质内有色素，又叫色素质，内含核糖体、贮存物、液泡、假液泡和有光合色素的细胞质层片。中央质又叫中央体，是拟核，为一环状DNA分子。繁殖方式主要为细胞分裂和丝状体藻体断裂。